不活化ワクチンや生ワクチンはその製造過程で鶏卵が使われることが一般的です。そこで卵アレルギーの方にもこれらのワクチンを打っても良いのかという疑問が出てきます。麻しん風しん混合ワクチンであるMRワクチンと、おたふくかぜのワクチンであるムンプスワクチンは、ニワトリの胚細胞を利用しており一般的な卵アレルギーの反応が生じる鶏卵タンパク質は含まれていないので安心して接種を受けることができます。また、インフルエンザワクチンは製造する過程で有精卵が使われ、実際に、2013/2014のシーズンまでは重篤な卵アレルギーがある場合は原則不活化ワクチンを推奨していませんでした。しかし近年ワクチン精製の精度が向上し、2016/2017シーズンの推奨からはCDCの勧告として、重篤な卵アレルギー反応（血圧低下、呼吸不全、吐き気、嘔吐、アドレナリンが必要な状態）になったことがあっても通常通り接種する方針となっています。

ただし、黄熱ワクチンに関しては卵アレルギーは禁忌となっています。

実際に卵アレルギーのある方は一度かかりつけ医と相談の上、ワクチン接種するようにしましょう。